Начинаем с того, что Кира уже убивает преступников, и Л уже прибыл в Токио чтобы поймать его. Л связывается с полицией, но он еще не полностью им доверяет. Он следит за членами семей тех людей, которые знают все о расследовании и имеют доступ к базе данных полиции. Отец Лайта взял в команду женщину-полицейского Kinara-Shino. У них завязывается роман, и Кинара частенько появляется в доме Ягами.
Между тем Лайт выигрывает очередную олимпиаду в университете, его показывают по телевизову. Эту передачу видит Миса, и обладая глазами Шинигами, узнает в нем Киру. Миса выслеживает Лайта и приходит к нему в дом как раз в тот момент, когда там находится Кинара...
После череды событий, за которыми наблюдает и полиция и Л, обвинение падает на Лайта и его сажают в тюрьму. С этим решением не согласен Л, он хочет лучше узнать Лайта, и понять его действия, поэтому он решает похитить Лайта из тюрьмы, ко всему прочему убийства преступников не прекращаются, и Л начинает расследование сначала, а Лайту предлагает стать компаньоном.
Тут под руку приходится девушка-хакер Кирина, которая учится в одном университете с Л и Лайтом, она давно положила глаз на странного парня, который везде ходит босиком, и пытается следить за ним. Однако во время неудачной хак-атаки на сервер баз данных интерпола, ее засекают, Л узнает свою преследовательницу и обещает ей прощение, если она согласится помочь в расследовании, а именно вскрыть электронные замки тюремных дверей прямо из здания ФБР.
В это время Такада учится в том же университете, паралельно работает на Сакура-ТВ, продвигая идеи Киры. Ей нравится Лайт, но она ничего о нем не подозревает до тех пор, пока Лайт не оказывается в тюрьме.
Ниар приезжает из Англии в Японию, чтобы помочь Л в расследовании, однако после происшедшего,он полностью уверен в том, что Кира это Лайт, и его основная задача - доказать это раньше, чем Л.
Так же из-за чрезмерных убийств людей и непонятных смятений в мире Шимигами, Аламо отправляется в мир людей, дабы встретиться с Рюком и Лайтом.